Mikan est une jeune fille de 10 ans qui vit avec son grand-père dans un petit village. Un jour, sa meilleure amie, Hotaru, part dans une école spéciale réservée aux "Alice".
Quelques temps après son départ, seule et malheureuse, Mikan décide de retrouver son amie dans cette école. Arrivée là-bas, elle rencontre Narumi, un professeur de cette fameuse école. Il lui apprend que toutes les personnes étant admises à l'académie possédaient un pouvoir particulier et propre à chacun appelé "Alice".
Décelant un de ces pouvoirs chez Mikan, Narumi admet la jeune fille dans l'académie.
Là, elle y retrouve sa meilleure amie mais aussi une forte tête : Natsume, considéré comme le meilleur élèvre de l'académie et bien mystérieux ...